Szybki TK 1.9.2¶
New features¶
Two new classes, OEFreeFormConf and OEFreeFormConfAdvanced, have been added to provide conformer free energy functionality. The methods in OEFreeFormConf provide high-level functionality; those in OEFreeFormConfAdvanced provide finer control of the functionality.
In general, the new conformer free energy functionality provides 2 new capabilities: (1) methods to estimate restriction free energy and (2) methods to find conformers similar to the one specified from a pool of minimum energy conformers.
The OEFreeFormConfOptions API methods have been modified and enhanced with OEOmegaOptions and various OESzybkiOptions sub-options. The enhanced API allows greater control over the details of free energy calculation.
The OESzybkiOptions class has been simplified and now consists of various sub-options: OESzybkiGeneralOptions, OESzybkiOptOptions, OESzybkiSolventOptions, and OESzybkiProteinOptions. The specific methods to set or get option values are now provided through these sub-option classes.
The following table shows the older, deprecated option functions and their new sub-option replacements:
Deprecated Option Method
New Sub-option Method
OESz::OESzybki::SetIEFFClusterOESz::OESzybkiOptions::SetIEFFClusterOESz::OESzybki::GetIEFFClusterOESz::OESzybkiOptions::GetIEFFClusterOESz::OESzybki::SetRemoveCoulombTermsOESz::OESzybkiOptions::SetRemoveCoulombTermsOESz::OESzybki::GetRemoveCoulombTermsOESz::OESzybkiOptions::GetRemoveCoulombTermsOESz::OESzybki::SetRemoveAttractiveVdWForcesOESz::OESzybkiOptions::SetRemoveAttractiveVdWForcesOESz::OESzybki::GetRemoveAttractiveVdWForcesOESz::OESzybkiOptions::GetRemoveAttractiveVdWForcesOESz::OESzybki::SetLigandRMSDHeavyOESz::OESzybkiOptions::SetLigandRMSDHeavyOESz::OESzybki::GetLigandRMSDHeavyOESz::OESzybkiOptions::GetLigandRMSDHeavyOESz::OESzybki::SetCalculateGradientsOESz::OESzybkiOptions::SetCalculateGradientsOESz::OESzybki::GetCalculateGradientsOESz::OESzybkiOptions::GetCalculateGradientsOESz::OESzybki::SetVerboseOESz::OESzybkiOptions::SetVerboseOESz::OESzybki::GetVerboseOESz::OESzybkiOptions::GetVerboseOESz::OESzybki::SetIntramolecularVdWCutoffOESz::OESzybkiOptions::SetIntramolecularVdWCutoffOESz::OESzybki::GetIntramolecularVdWCutoffOESz::OESzybkiOptions::GetIntramolecularVdWCutoffOESz::OESzybki::SetTemperatureOESz::OESzybkiOptions::SetTemperatureOESz::OESzybki::GetTemperatureOESz::OESzybkiOptions::GetTemperatureOESz::OESzybki::SetSoluteDielectricOESz::OESzybkiOptions::SetSoluteDielectricOESz::OESzybki::GetSoluteDielectricOESz::OESzybkiOptions::GetSoluteDielectricOESz::OESzybki::SetForceFieldTypeOESz::OESzybkiOptions::SetForceFieldTypeOESz::OESzybki::GetForceFieldTypeOESz::OESzybkiOptions::GetForceFieldTypeOESz::OESzybki::SetCalculateFrozenTermsOESz::OESzybkiOptions::SetCalculateFrozenTermsOESz::OESzybki::GetCalculateFrozenTermsOESz::OESzybkiOptions::GetCalculateFrozenTermsOESz::OESzybki::SetGradToleranceOESz::OESzybkiOptions::SetGradToleranceOESz::OESzybki::GetGradToleranceOESz::OESzybkiOptions::GetGradToleranceOESz::OESzybki::SetOptimizerTypeOESz::OESzybkiOptions::SetOptimizerTypeOESz::OESzybki::GetOptimizerTypeOESz::OESzybkiOptions::GetOptimizerTypeOESz::OESzybki::SetMaxIterOESz::OESzybkiOptions::SetMaxIterOESz::OESzybki::GetMaxIterOESz::OESzybkiOptions::GetMaxIterOESz::OESzybki::SetSolventDielectricOESz::OESzybkiOptions::SetSolventDielectricOESz::OESzybki::GetSolventDielectricOESz::OESzybkiOptions::GetSolventDielectricOESz::OESzybki::SetSaltConcentrationOESz::OESzybkiOptions::SetSaltConcentrationOESz::OESzybki::GetSaltConcentrationOESz::OESzybkiOptions::GetSaltConcentrationOESz::OESzybki::SetCavitySolventParameterOESz::OESzybkiOptions::SetCavitySolventParameterOESz::OESzybki::GetCavitySolventParameterOESz::OESzybkiOptions::GetCavitySolventParameterOESz::OESzybki::SetSolventModelOESz::OESzybkiOptions::SetSolventModelOESz::OESzybki::GetSolventModelOESz::OESzybkiOptions::GetSolventModelOESz::OESzybki::SetAtomicRadiiOESz::OESzybkiOptions::SetAtomicRadiiOESz::OESzybki::GetAtomicRadiiTypeOESz::OESzybkiOptions::GetAtomicRadiiTypeOESz::OESzybki::SetUseCurrentChargesOESz::OESzybkiOptions::SetUseCurrentChargesOESz::OESzybki::GetUseCurrentChargesOESz::OESzybkiOptions::GetUseCurrentChargesOESz::OESzybki::SetEveryConfAM1BCCChargesOESz::OESzybkiOptions::SetEveryConfAM1BCCChargesOESz::OESzybki::GetEveryConfAM1BCCChargesOESz::OESzybkiOptions::GetEveryConfAM1BCCChargesOESz::OESzybki::SetExactVdWProteinLigandOESz::OESzybkiOptions::SetExactVdWProteinLigandOESz::OESzybki::GetExactVdWProteinLigandOESz::OESzybkiOptions::GetExactVdWProteinLigandOESz::OESzybki::SetProteinDielectricOESz::OESzybkiOptions::SetProteinDielectricOESz::OESzybki::GetProteinDielectricOESz::OESzybkiOptions::GetProteinDielectricOESz::OESzybki::SetProteinFlexibilityRangeOESz::OESzybkiOptions::SetProteinFlexibilityRangeOESz::OESzybki::GetProteinFlexibilityRangeOESz::OESzybkiOptions::GetProteinFlexibilityRangeOESz::OESzybki::SetIntermolecularVdWCutoffOESz::OESzybkiOptions::SetIntermolecularVdWCutoffOESz::OESzybki::GetIntermolecularVdWCutoffOESz::OESzybkiOptions::GetIntermolecularVdWCutoffOESz::OESzybki::SetProteinElectrostaticModelOESz::OESzybkiOptions::SetProteinElectrostaticModelOESz::OESzybki::GetProteinElectrostaticModelOESz::OESzybkiOptions::GetProteinElectrostaticModelOESz::OESzybki::SetProteinFlexibilityTypeOESz::OESzybkiOptions::SetProteinFlexibilityTypeOESz::OESzybki::GetProteinFlexibilityTypeOESz::OESzybkiOptions::GetProteinFlexibilityType
Minor bug fixes¶
User-defined partial charges set for the MMFFS_AMBER or MMFF_AMBER force field calculations had previously not been preserved. They are now passed to the optimized molecule.
Changing the protein flexibility type from range-defined to a list of residues for an OESzybkiOptions object previously required creating a copy of the object. This issue has been fixed.
Atomic radii for IEFF/PB calculations were previously restricted to the Bondi type. Although the default is still Bondi, ZAP7 and ZAP9 radii are now available.