Omega TK 2.6.5

New features

  • New functionality has been added for generating a densely sampled set of conformers, as required during conformer free energy calculations using OEFreeFormConf.

  • Omega has used random coordinate embedding with distance-geometry refinement to generate initial 3D fragment and ring conformers for more than a decade. The pseudo-random number generator used has been upgraded to an implementation of the Mersenne Twister adapted from the work of Kohei Takeda.

  • Omega now recognizes and adjusts ring sampling for macrocycles. This improves reproduction of small and medium-sized macrocycle structures without increasing maximum ensemble sizes.

  • A new class, OEOmegaOptions, has been added that sets all options of the OEOmega object during its construction. All the OEOmega methods with the same name as their OEOmegaOptions counterparts are now deprecated except for the options for fraglib, which are still maintained through the OEOmega interface.

    The following table shows the older, deprecated functions and their new option replacements:

    Deprecated Method New option Method
    OEConfGen::OEOmega::SetCommentEnergy OEConfGen::OEOmegaOptions::SetCommentEnergy
    OEConfGen::OEOmega::GetCommentEnergy OEConfGen::OEOmegaOptions::GetCommentEnergy
    OEConfGen::OEOmega::SetIncludeInput OEConfGen::OEOmegaOptions::SetIncludeInput
    OEConfGen::OEOmega::GetIncludeInput OEConfGen::OEOmegaOptions::GetIncludeInput
    OEConfGen::OEOmega::SetRotorOffset OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRotorOffset
    OEConfGen::OEOmega::GetRotorOffset OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRotorOffset
    OEConfGen::OEOmega::SetSDEnergy OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSDEnergy
    OEConfGen::OEOmega::GetSDEnergy OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSDEnergy
    OEConfGen::OEOmega::SetWarts OEConfGen::OEOmegaOptions::SetWarts
    OEConfGen::OEOmega::GetWarts OEConfGen::OEOmegaOptions::GetWarts
    OEConfGen::OEOmega::SetBuildForceField OEConfGen::OEOmegaOptions::SetBuildForceField
    OEConfGen::OEOmega::GetBuildForceField OEConfGen::OEOmegaOptions::GetBuildForceField
    OEConfGen::OEOmega::SetCanonOrder OEConfGen::OEOmegaOptions::SetCanonOrder
    OEConfGen::OEOmega::GetCanonOrder OEConfGen::OEOmegaOptions::GetCanonOrder
    OEConfGen::OEOmega::SetFromCT OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFromCT
    OEConfGen::OEOmega::GetFromCT OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFromCT
    OEConfGen::OEOmega::SetFixRMS OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixRMS
    OEConfGen::OEOmega::GetFixRMS OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixRMS
    OEConfGen::OEOmega::SetFixDeleteH OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixDeleteH
    OEConfGen::OEOmega::GetFixDeleteH OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixDeleteH
    OEConfGen::OEOmega::SetFixUniqueMatch OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixUniqueMatch
    OEConfGen::OEOmega::GetFixUniqueMatch OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixUniqueMatch
    OEConfGen::OEOmega::SetFixMaxMatch OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixMaxMatch
    OEConfGen::OEOmega::GetFixMaxMatch OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixMaxMatch
    OEConfGen::OEOmega::SetStrictAtomTypes OEConfGen::OEOmegaOptions::SetStrictAtomTypes
    OEConfGen::OEOmega::GetStrictAtomTypes OEConfGen::OEOmegaOptions::GetStrictAtomTypes
    OEConfGen::OEOmega::SetStrictStereo OEConfGen::OEOmegaOptions::SetStrictStereo
    OEConfGen::OEOmega::GetStrictStereo OEConfGen::OEOmegaOptions::GetStrictStereo
    OEConfGen::OEOmega::SetEnumNitrogen OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnumNitrogen
    OEConfGen::OEOmega::GetEnumNitrogen OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnumNitrogen
    OEConfGen::OEOmega::SetEnumRing OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnumRing
    OEConfGen::OEOmega::GetEnumRing OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnumRing
    OEConfGen::OEOmega::SetSampleHydrogens OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSampleHydrogens
    OEConfGen::OEOmega::GetSampleHydrogens OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSampleHydrogens
    OEConfGen::OEOmega::SetEnergyWindow OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnergyWindow
    OEConfGen::OEOmega::GetEnergyWindow OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnergyWindow
    OEConfGen::OEOmega::SetEnergyRange OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnergyRange
    OEConfGen::OEOmega::GetEnergyRange OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnergyRange
    OEConfGen::OEOmega::SetMaxConfs OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxConfs
    OEConfGen::OEOmega::GetMaxConfs OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxConfs
    OEConfGen::OEOmega::SetMaxConfRange OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxConfRange
    OEConfGen::OEOmega::GetMaxConfRange OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxConfRange
    OEConfGen::OEOmega::SetMaxRotors OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxRotors
    OEConfGen::OEOmega::GetMaxRotors OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxRotors
    OEConfGen::OEOmega::SetMaxSearchTime OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxSearchTime
    OEConfGen::OEOmega::GetMaxSearchTime OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxSearchTime
    OEConfGen::OEOmega::SetRangeIncrement OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRangeIncrement
    OEConfGen::OEOmega::GetRangeIncrement OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRangeIncrement
    OEConfGen::OEOmega::SetRMSRange OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRMSRange
    OEConfGen::OEOmega::GetRMSRange OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRMSRange
    OEConfGen::OEOmega::SetRMSThreshold OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRMSThreshold
    OEConfGen::OEOmega::GetRMSThreshold OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRMSThreshold
    OEConfGen::OEOmega::SetSearchForceField OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSearchForceField
    OEConfGen::OEOmega::GetSearchForceField OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSearchForceField
    OEConfGen::OEOmega::SetTorsionDrive OEConfGen::OEOmegaOptions::SetTorsionDrive
    OEConfGen::OEOmega::GetTorsionDrive OEConfGen::OEOmegaOptions::GetTorsionDrive
    OEConfGen::OEOmega::SetDielectric OEConfGen::OEOmegaOptions::SetDielectric
    OEConfGen::OEOmega::GetDielectric OEConfGen::OEOmegaOptions::GetDielectric
    OEConfGen::OEOmega::SetExponent OEConfGen::OEOmegaOptions::SetExponent
    OEConfGen::OEOmega::GetExponent OEConfGen::OEOmegaOptions::GetExponent
    OEConfGen::OEOmega::SetFixMol OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixMol
    OEConfGen::OEOmega::GetFixMol OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixMol
    OEConfGen::OEOmega::SetFixFile OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixFile
    OEConfGen::OEOmega::ClearFixFile OEConfGen::OEOmegaOptions::ClearFixFile
    OEConfGen::OEOmega::SetFixQuery OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixQuery
    OEConfGen::OEOmega::SetFixSmarts OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixSmarts
    OEConfGen::OEOmega::GetFixSubSearch OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixSubSearch
    OEConfGen::OEOmega::SetTorLib OEConfGen::OEOmegaOptions::SetTorLib
    OEConfGen::OEOmega::GetTorLib OEConfGen::OEOmegaOptions::GetTorLib