Omega TK 2.6.5¶
New features¶
New functionality has been added for generating a densely sampled set of conformers, as required during conformer free energy calculations using OEFreeFormConf.
Omega has used random coordinate embedding with distance-geometry refinement to generate initial 3D fragment and ring conformers for more than a decade. The pseudo-random number generator used has been upgraded to an implementation of the Mersenne Twister adapted from the work of Kohei Takeda.
Omega now recognizes and adjusts ring sampling for macrocycles. This improves reproduction of small and medium-sized macrocycle structures without increasing maximum ensemble sizes.
A new class, OEOmegaOptions, has been added that sets all options of the OEOmega object during its construction. All the OEOmega methods with the same name as their OEOmegaOptions counterparts are now deprecated except for the options for fraglib, which are still maintained through the OEOmega interface.
The following table shows the older, deprecated functions and their new option replacements:
Deprecated Method New option Method OEConfGen::OEOmega::SetCommentEnergy OEConfGen::OEOmegaOptions::SetCommentEnergy OEConfGen::OEOmega::GetCommentEnergy OEConfGen::OEOmegaOptions::GetCommentEnergy OEConfGen::OEOmega::SetIncludeInput OEConfGen::OEOmegaOptions::SetIncludeInput OEConfGen::OEOmega::GetIncludeInput OEConfGen::OEOmegaOptions::GetIncludeInput OEConfGen::OEOmega::SetRotorOffset OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRotorOffset OEConfGen::OEOmega::GetRotorOffset OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRotorOffset OEConfGen::OEOmega::SetSDEnergy OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSDEnergy OEConfGen::OEOmega::GetSDEnergy OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSDEnergy OEConfGen::OEOmega::SetWarts OEConfGen::OEOmegaOptions::SetWarts OEConfGen::OEOmega::GetWarts OEConfGen::OEOmegaOptions::GetWarts OEConfGen::OEOmega::SetBuildForceField OEConfGen::OEOmegaOptions::SetBuildForceField OEConfGen::OEOmega::GetBuildForceField OEConfGen::OEOmegaOptions::GetBuildForceField OEConfGen::OEOmega::SetCanonOrder OEConfGen::OEOmegaOptions::SetCanonOrder OEConfGen::OEOmega::GetCanonOrder OEConfGen::OEOmegaOptions::GetCanonOrder OEConfGen::OEOmega::SetFromCT OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFromCT OEConfGen::OEOmega::GetFromCT OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFromCT OEConfGen::OEOmega::SetFixRMS OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixRMS OEConfGen::OEOmega::GetFixRMS OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixRMS OEConfGen::OEOmega::SetFixDeleteH OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixDeleteH OEConfGen::OEOmega::GetFixDeleteH OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixDeleteH OEConfGen::OEOmega::SetFixUniqueMatch OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixUniqueMatch OEConfGen::OEOmega::GetFixUniqueMatch OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixUniqueMatch OEConfGen::OEOmega::SetFixMaxMatch OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixMaxMatch OEConfGen::OEOmega::GetFixMaxMatch OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixMaxMatch OEConfGen::OEOmega::SetStrictAtomTypes OEConfGen::OEOmegaOptions::SetStrictAtomTypes OEConfGen::OEOmega::GetStrictAtomTypes OEConfGen::OEOmegaOptions::GetStrictAtomTypes OEConfGen::OEOmega::SetStrictStereo OEConfGen::OEOmegaOptions::SetStrictStereo OEConfGen::OEOmega::GetStrictStereo OEConfGen::OEOmegaOptions::GetStrictStereo OEConfGen::OEOmega::SetEnumNitrogen OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnumNitrogen OEConfGen::OEOmega::GetEnumNitrogen OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnumNitrogen OEConfGen::OEOmega::SetEnumRing OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnumRing OEConfGen::OEOmega::GetEnumRing OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnumRing OEConfGen::OEOmega::SetSampleHydrogens OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSampleHydrogens OEConfGen::OEOmega::GetSampleHydrogens OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSampleHydrogens OEConfGen::OEOmega::SetEnergyWindow OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnergyWindow OEConfGen::OEOmega::GetEnergyWindow OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnergyWindow OEConfGen::OEOmega::SetEnergyRange OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnergyRange OEConfGen::OEOmega::GetEnergyRange OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnergyRange OEConfGen::OEOmega::SetMaxConfs OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxConfs OEConfGen::OEOmega::GetMaxConfs OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxConfs OEConfGen::OEOmega::SetMaxConfRange OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxConfRange OEConfGen::OEOmega::GetMaxConfRange OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxConfRange OEConfGen::OEOmega::SetMaxRotors OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxRotors OEConfGen::OEOmega::GetMaxRotors OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxRotors OEConfGen::OEOmega::SetMaxSearchTime OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxSearchTime OEConfGen::OEOmega::GetMaxSearchTime OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxSearchTime OEConfGen::OEOmega::SetRangeIncrement OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRangeIncrement OEConfGen::OEOmega::GetRangeIncrement OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRangeIncrement OEConfGen::OEOmega::SetRMSRange OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRMSRange OEConfGen::OEOmega::GetRMSRange OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRMSRange OEConfGen::OEOmega::SetRMSThreshold OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRMSThreshold OEConfGen::OEOmega::GetRMSThreshold OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRMSThreshold OEConfGen::OEOmega::SetSearchForceField OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSearchForceField OEConfGen::OEOmega::GetSearchForceField OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSearchForceField OEConfGen::OEOmega::SetTorsionDrive OEConfGen::OEOmegaOptions::SetTorsionDrive OEConfGen::OEOmega::GetTorsionDrive OEConfGen::OEOmegaOptions::GetTorsionDrive OEConfGen::OEOmega::SetDielectric OEConfGen::OEOmegaOptions::SetDielectric OEConfGen::OEOmega::GetDielectric OEConfGen::OEOmegaOptions::GetDielectric OEConfGen::OEOmega::SetExponent OEConfGen::OEOmegaOptions::SetExponent OEConfGen::OEOmega::GetExponent OEConfGen::OEOmegaOptions::GetExponent OEConfGen::OEOmega::SetFixMol OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixMol OEConfGen::OEOmega::GetFixMol OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixMol OEConfGen::OEOmega::SetFixFile OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixFile OEConfGen::OEOmega::ClearFixFile OEConfGen::OEOmegaOptions::ClearFixFile OEConfGen::OEOmega::SetFixQuery OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixQuery OEConfGen::OEOmega::SetFixSmarts OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixSmarts OEConfGen::OEOmega::GetFixSubSearch OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixSubSearch OEConfGen::OEOmega::SetTorLib OEConfGen::OEOmegaOptions::SetTorLib OEConfGen::OEOmega::GetTorLib OEConfGen::OEOmegaOptions::GetTorLib