Omega TK 2.6.5

New features

  • New functionality has been added for generating a densely sampled set of conformers, as required during conformer free energy calculations using OEFreeFormConf.

  • Omega has used random coordinate embedding with distance-geometry refinement to generate initial 3D fragment and ring conformers for more than a decade. The pseudo-random number generator used has been upgraded to an implementation of the Mersenne Twister adapted from the work of Kohei Takeda.

  • Omega now recognizes and adjusts ring sampling for macrocycles. This improves reproduction of small and medium-sized macrocycle structures without increasing maximum ensemble sizes.

  • A new class, OEOmegaOptions, has been added that sets all options of the OEOmega object during its construction. All the OEOmega methods with the same name as their OEOmegaOptions counterparts are now deprecated except for the options for fraglib, which are still maintained through the OEOmega interface.

    The following table shows the older, deprecated functions and their new option replacements:

    Deprecated Method

    New option Method

    OEConfGen::OEOmega::SetCommentEnergy

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetCommentEnergy

    OEConfGen::OEOmega::GetCommentEnergy

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetCommentEnergy

    OEConfGen::OEOmega::SetIncludeInput

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetIncludeInput

    OEConfGen::OEOmega::GetIncludeInput

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetIncludeInput

    OEConfGen::OEOmega::SetRotorOffset

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRotorOffset

    OEConfGen::OEOmega::GetRotorOffset

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRotorOffset

    OEConfGen::OEOmega::SetSDEnergy

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSDEnergy

    OEConfGen::OEOmega::GetSDEnergy

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSDEnergy

    OEConfGen::OEOmega::SetWarts

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetWarts

    OEConfGen::OEOmega::GetWarts

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetWarts

    OEConfGen::OEOmega::SetBuildForceField

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetBuildForceField

    OEConfGen::OEOmega::GetBuildForceField

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetBuildForceField

    OEConfGen::OEOmega::SetCanonOrder

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetCanonOrder

    OEConfGen::OEOmega::GetCanonOrder

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetCanonOrder

    OEConfGen::OEOmega::SetFromCT

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFromCT

    OEConfGen::OEOmega::GetFromCT

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFromCT

    OEConfGen::OEOmega::SetFixRMS

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixRMS

    OEConfGen::OEOmega::GetFixRMS

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixRMS

    OEConfGen::OEOmega::SetFixDeleteH

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixDeleteH

    OEConfGen::OEOmega::GetFixDeleteH

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixDeleteH

    OEConfGen::OEOmega::SetFixUniqueMatch

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixUniqueMatch

    OEConfGen::OEOmega::GetFixUniqueMatch

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixUniqueMatch

    OEConfGen::OEOmega::SetFixMaxMatch

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixMaxMatch

    OEConfGen::OEOmega::GetFixMaxMatch

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixMaxMatch

    OEConfGen::OEOmega::SetStrictAtomTypes

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetStrictAtomTypes

    OEConfGen::OEOmega::GetStrictAtomTypes

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetStrictAtomTypes

    OEConfGen::OEOmega::SetStrictStereo

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetStrictStereo

    OEConfGen::OEOmega::GetStrictStereo

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetStrictStereo

    OEConfGen::OEOmega::SetEnumNitrogen

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnumNitrogen

    OEConfGen::OEOmega::GetEnumNitrogen

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnumNitrogen

    OEConfGen::OEOmega::SetEnumRing

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnumRing

    OEConfGen::OEOmega::GetEnumRing

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnumRing

    OEConfGen::OEOmega::SetSampleHydrogens

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSampleHydrogens

    OEConfGen::OEOmega::GetSampleHydrogens

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSampleHydrogens

    OEConfGen::OEOmega::SetEnergyWindow

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnergyWindow

    OEConfGen::OEOmega::GetEnergyWindow

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnergyWindow

    OEConfGen::OEOmega::SetEnergyRange

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetEnergyRange

    OEConfGen::OEOmega::GetEnergyRange

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetEnergyRange

    OEConfGen::OEOmega::SetMaxConfs

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxConfs

    OEConfGen::OEOmega::GetMaxConfs

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxConfs

    OEConfGen::OEOmega::SetMaxConfRange

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxConfRange

    OEConfGen::OEOmega::GetMaxConfRange

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxConfRange

    OEConfGen::OEOmega::SetMaxRotors

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxRotors

    OEConfGen::OEOmega::GetMaxRotors

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxRotors

    OEConfGen::OEOmega::SetMaxSearchTime

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetMaxSearchTime

    OEConfGen::OEOmega::GetMaxSearchTime

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetMaxSearchTime

    OEConfGen::OEOmega::SetRangeIncrement

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRangeIncrement

    OEConfGen::OEOmega::GetRangeIncrement

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRangeIncrement

    OEConfGen::OEOmega::SetRMSRange

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRMSRange

    OEConfGen::OEOmega::GetRMSRange

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRMSRange

    OEConfGen::OEOmega::SetRMSThreshold

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetRMSThreshold

    OEConfGen::OEOmega::GetRMSThreshold

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetRMSThreshold

    OEConfGen::OEOmega::SetSearchForceField

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetSearchForceField

    OEConfGen::OEOmega::GetSearchForceField

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetSearchForceField

    OEConfGen::OEOmega::SetTorsionDrive

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetTorsionDrive

    OEConfGen::OEOmega::GetTorsionDrive

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetTorsionDrive

    OEConfGen::OEOmega::SetDielectric

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetDielectric

    OEConfGen::OEOmega::GetDielectric

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetDielectric

    OEConfGen::OEOmega::SetExponent

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetExponent

    OEConfGen::OEOmega::GetExponent

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetExponent

    OEConfGen::OEOmega::SetFixMol

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixMol

    OEConfGen::OEOmega::GetFixMol

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixMol

    OEConfGen::OEOmega::SetFixFile

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixFile

    OEConfGen::OEOmega::ClearFixFile

    OEConfGen::OEOmegaOptions::ClearFixFile

    OEConfGen::OEOmega::SetFixQuery

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixQuery

    OEConfGen::OEOmega::SetFixSmarts

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetFixSmarts

    OEConfGen::OEOmega::GetFixSubSearch

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetFixSubSearch

    OEConfGen::OEOmega::SetTorLib

    OEConfGen::OEOmegaOptions::SetTorLib

    OEConfGen::OEOmega::GetTorLib

    OEConfGen::OEOmegaOptions::GetTorLib